同時(shí)，用最低價(jià)出線(xiàn)的原則讓眾多國內企業(yè)拼殺，造成一些重要臨床用藥以低價(jià)中標，但某些企業(yè)的中標品種之前卻很少被臨床使用。在此情況下，醫生可能更愿意選擇原研藥，導致醫保費用不降反升。

此外，投訴認為，此次集采有縱容企業(yè)或個(gè)人利用招標規則制定的漏洞不當牟利，獲取高價(jià)中標出線(xiàn)的機會(huì )，包括質(zhì)量層次的設定與劃分、評審分組、最終結果公示等。

根據《實(shí)施方案》，此次集采共劃分為4個(gè)層次。第一層次為專(zhuān)利保護期內化合物專(zhuān)利、天然物提取物專(zhuān)利以及微生物及代謝物專(zhuān)利藥品；第二層次為已過(guò)保護期的專(zhuān)利藥品以及通過(guò)質(zhì)量一致性評價(jià)的仿制藥、出口藥等；第三層次為獲得國家自然科學(xué)獎、國家技術(shù)發(fā)明獎等的藥品制劑以及國家重大新藥創(chuàng )制專(zhuān)項藥品，以及增加了主要適應證（等同或大于過(guò)期專(zhuān)利藥適應證）且第一個(gè)獲得國家藥品監督管理部門(mén)注冊批件的藥品；第四層次為其他通過(guò)GMP認證藥品和進(jìn)口藥品。

中標結果公布后，許多廠(chǎng)家申報的品種因進(jìn)入上述前三層次而獲得高價(jià)中標，但其中有多個(gè)品種的資質(zhì)遭到投訴或質(zhì)疑。

例如，第三層次（一）明確，獲獎對象是藥品制劑本身，獎項內容須含有報名藥品相關(guān)的特征性描述，不包括通用技術(shù)和其他通用研究成果的藥品。

湖南科倫申報的注射用哌拉西林他唑巴坦2.25g（2g：250mg）通過(guò)這一層次認定，以19.9元/支的價(jià)格中標，而海南美好西林生物制藥有限公司申報的同規格產(chǎn)品中標價(jià)為6.8元/支，僅為其三分之一。

有多條投訴質(zhì)疑，湖南科倫提供的獲獎證書(shū)為2008年12月3日的《抗生素代謝工程的基礎研究》，該獎項屬于通用技術(shù)和其他通用研究成果。因此，湖南科倫申報的注射用哌拉西林他唑巴坦2.25g（2g：250mg）不應該被認定為第三層次（國家自然科學(xué)獎）。不過(guò)，盡管受到多次投訴，經(jīng)湖南科倫方面申訴后，該產(chǎn)品仍被認定為“國家獎項”，獲得高價(jià)中標。